1. แผนงานการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ จัดทำขึ้นเพื่อส่งเสริมการพัฒนาทรัพยากรน้ำในลุ่มน้ำโขงสำหรับการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคม เพื่อผลประโยชน์ของประชาชนในลุ่มน้ำโดยดำเนินการในประเด็นที่เกี่ยวข้องกับน้ำที่มีลักษณะ ข้ามพรมแดน (trans-boundary) และ/หรือเป็นลุ่มน้ำ

2. แผนงานการเดินเรือ จัดทำขึ้นเพื่อส่งเสริมให้เกิดเสรีภาพในการเดินเรือ ตามมาตรา 9 ของความตกลงแม่น้ำโขง พ.ศ. 2538และเพิ่มโอกาศทางการค้าระหว่างประเทศเพื่อให้เกิดผลประโยชน ์ร่วมกันระหว่างสมาชิกและสนับสนุนในด้านการประสานงานในการพัฒนา ระบบการจราจรขนส่งทางน้ำที่ปลอดภัยและมีประสิทธิภาพ โดยมีการปกป้องผลกระทบสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน

3. แผนงานประมง จัดทำขึ้นเพื่อส่งเสริมพัฒนาและการจัดการด้านผลผลิตด้านการประมงของลุ่มน้ำโขงอย่างยั่งยืน อันเป็นการเพิ่มรายได้และสารอาหารแก่ประชาชน รวมถึงการให้ประชาชนในประเทศสมาชิก ได้ตระหนักถึงความสำคัญของทรัพยากรประมง โดยโครงการด้านประมงนี้จะมุ่งที่การประมงน้ำจืด

4. แผนงานการเกษตร การชลประทานและป่าไม้ จัดทำขึ้นเพื่อประสานความร่วมมือในการพัฒนาอย่างยั่งยืน และการใช้ทรัพยากรน้ำและดินในการเกษตร และการป่าไม้ เพื่อให้เกิดประโยชน์ในประชาคมลุ่มน้ำ รวมทั้งลดความยากจนและความอดอยากในพื้นที่ลุ่มแม่น้ำโขงตอนล่าง

5. แผนงานธรรมาภิบาลสิ่งแวดล้อม เป็นการเสริมสร้างสมรรถนะบุคลากรในการบริหารจัดการสิ่งแวดล้อมอย่างโปร่งใส เพื่อให้เกิดการพัฒนาลุ่มน้ำโขงอย่างยั่งยืน ดดยแผนงานนี้จะสนับสนุนแผนงานต่างๆ ในการฝึกอบรมบุคลากร การดูงาน และการวิจัยต่างๆในลุ่มน้ำโขง